农村经济研究部的主要职责是：综合研究中国城乡协调发展、农村经济体制变革、农业和农村经济结构调整、农村经济和社会管理等农村改革和发展问题。
　　该部的重点研究领域有：农村经济运行与政策实施效果评估；农产品供求和农村市场变化、食品安全与监管、农产品对外贸易、农民收入与消费状况；农村土地制度改革、农村所有制结构调整与完善、农民合作组织发展；农村金融和农村公共财政体制改革；农业基础设施建设、生态环境建设、农业科技进步；农村非农产业发展、农村剩余劳动力向非农产业转移、农民工就业与权益保障、小城镇发展；农村教育、卫生、扶贫；农村基层的民主制度与法制建设。
　　该部近年来出版了“农村公共财政制度：理论、政策和实证研究”、“中国农村政策调查报告”、“中国食品安全战略研究”等一系列研究著作。
　　农村经济研究部的研究特色是：重视基层调查、重视跨部门合作，研究成果及政策建议具有前瞻性，又具备现实可操作性。
　　农村经济研究部结合研究重点开展了广泛的国际合作与交流。